Koto Alam adalah Nagari tertua di Kecamatan Pangkalan Koto Baru. Bahkan sejarah Koto Alam telah dimulai lama sebelum zaman Prasejarah. Bukti sejarah menunjukkan bahwa Koto Alam telah dihuni manusia sejak zaman batu, di beberapa tempat di daerah Koto Lamo, yaitu tempat tinggal masyarakat Koto Alam pada zaman dahulu ditemukan Mejan yakni Batu Nisan raksasa peninggalan manusia yang umurnya lebih tua dari Menhir.

Sampai penghujung abad ke 18 Penghuni Koto Alam berdiam di Koto-koto dan taratak yang jumlahnya lebih kurang sebanyak 12 Koto, yaitu:

1. Koto Sianok
2. Koto Intan
3. Koto Bukik
4. Koto Tuo
5. Koto Tarusan
6. Koto Luai
7. Koto Kociak
8. Koto Puncak Balai Buwuak
9. Koto Marapak
10. Koto Lamo
11. Koto Jajaran
12. Koto Salombang

Pada awal abad ke 19 Belanda datang mengkoordinir Koto yang terpencar-pencar tersebut dan menyatukan dalam satu Nagari yang kemudian diberi nama Koto Alam. Dasar nama Koto Alam itu sendiri lahir dari mufakat 12 penghuni Koto tersebut dan diambil dari nama seorang putri yang pernah tinggal di Puncak Balai Buwuak yang bernama Puti Alam.

Merujuk pada arsip laporan sensus yang dilakukan Pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1875 yang kemudian diterbitkan pada tahun 1877 dengan judul “Tijdschrift voor Indische Taal- Land- en Volkenkunde Deel XXIV” (Majalah Bahasa, Tanah, dan Etnologi Hindia Bagian 24). Laporan tersebut disusun oleh W. Stortenbeker, Jr. dan W. P. Groeneveldt dan diterbitkan oleh Penerbit W. Bruining & co di Batavia (Jakarta sekarang) dan Penerbit M. Nijhoff di Den Haag.

Dari laporan tersebut diketahui bahwa Nagari Koto Alam merupakan salah satu Nagari yang terdapat di dalam Laras VI Koto Pangkalan. Dalam struktur Pemerintah Hindia Belanda, Nagari dipimpin oleh seorang Penghulu Kepala (Datuak Palo). Penghulu Kepala (Datuak Palo) Nagari Koto Alam dijabat oleh Si Lambeh gelar Datuk Radja-mantri dari suku Tjiniaga/Caniago. Nagari Koto Alam didiami oleh empat suku, yaitu Tjiniaga/Caniago, Domo/Melayu, Patapang/Pitopang, dan Piliang. Masing-masing suku tersebut dipimpin oleh seorang Penghulu Pucuk dan dua orang Penghulu Andiko. Total keseluruhan jumlah Penghulu di Nagari Koto Alam pada saat itu adalah 12 (dua belas) orang. Selanjutnya, dokumen tersebut juga mengungkapkan data jumlah penduduk Nagari Koto Alam, yaitu 714 jiwa. Adapun mengenai penjabarannya dapat dilihat pada tabel di bawah ini.

Penduduk Nagari Koto Alam Tahun Juni – Juli 1875